W latach 2011-2014 doszło do całkowitego zniszczenia cennych siedlisk priorytetowych chronionych na mocy polskich przepisów oraz europejskiej Dyrektywy Siedliskowej.
Na obszarze ok. 200 ha wycięto łęgi wierzbowe (siedlisko priorytetowe klasyfikowane jako typ 91E0), gdzie znajdowała się kolonia lęgowa kormoranów, czapli siwych, czapli białych i ślepowrona oraz liczne żeremia bobrowe W ramach tych nielegalnych prac ścięto dojrzałe wierzby, na których znajdowały się gniazda ptaków objętych ochroną gatunkową. Doszło do zniszczenia kilkuset gniazd. Na tę wycinkę nie uzyskano żadnego zezwolenia. Naruszono w ten sposób przepisy o ochronie gatunkowej zawarte w Rozporządzeniu ministra środowiska o ochronie gatunkowej zwierząt. Na tym samym obszarze znajdowało się kilkadziesiąt żeremi bobrowych – część z nich została rozjechana ciężkim sprzętem.
Od lat 70-tych obserwowano ciągły wzrost liczebności kormoranów gniazdujących w kolonii na terenie Parku. Szczyt liczebności przypadał na rok 2010, kiedy doliczono się ich 900 par. Pierwsze prace przy wycince drzew rozpoczęto w 2011 roku i wtedy zanotowano pierwszy poważny spadek liczebności kormoranów. W roku 2014 w kolonii gniazdowało zaledwie już tylko 150 par. W tym samym roku na skutek wycinki łęgu wierzbowego, całkowicie zniszczono kolonię, która znajdowała się wzdłuż popularnego szlaku turystycznego tzw. Betonowej Drogi, w okolicach Mostu Wysokińskiego. Inne kolonie w PNUW istnieją nadal, jednakże, jak wynika z nieoficjalnych informacji pracowników Parku gniazduje w nich zaledwie 100 par.
Zdjęcia kolonii kormoranów przed likwidacją:
Likwidacja kolonii:
Bulwersuje fakt, że likwidacja kolonii lęgowej ptaków została dokonana w ramach projektu finansowanego przez Komisję Europejską. Projekt nosi nr LIFE09 NAT/PL/000254. Z korespondencji wymienionej z KE wynika, że Komisja nie miałą pojęcia o tym, że w ramach projektu Park zamierza unicestwić jedną z największych w tym regionie Polski kolonii lęgowych kormorana czarnego i gatunków współ-gniazdujących, tj. czapli siwej, białej i ślepowrona.
Kormoran czarny i czapla siwa są gatunkami objętymi ochroną częściową. Czapla biała i ślepowron są gatunkami objętymi ochroną ścisłą. Niszczenie ich siedlisk, gniazd i miejsc odpoczynku i wychowania młodych jest wykroczeniem, a jeśli szkoda w środowisku jest istotnych rozmiarów – jest to przestępstwo (art. 181 kk).
W taki sposób, w sercu Parku Narodowego powołanego głównie w celu ochrony ptaków i ich siedlisk, doszło do zniszczenia tych siedlisk na ogromną skalę.